सीमा शुल्क के संबंध में 21 अगस्त, 2020 को अधिसूचना जारी की गई थी। 21 सितंबर, 2020 से अमल में लाया गया था। नियमों के तहत सीमा शुल्क अधिकारी को ऐसा लगता है कि उत्पादक देश के निर्धारित मापदंड को पूरा नहीं किया गया है तो वह आयातक से कारोबार समझौते के तहत और जानकारी मांग सकते हैं।वित्त मंत्रालय ने कहा है कि राजस्व विभाग और आयातक के बीच टकराव के मामले में मूल देश के संबंध में मुक्त व्यापार समझौते  में दी गई विशेष छूट अवश्य लागू होगी। केंद्रीय अप्रत्यक्ष कर एवं सीमा शुल्क बोर्ड ने मुख्य आयुक्त को दिए निर्देश में कहा है कि सीमा शुल्क के अधिकारियों को आवेदन देने में संवेदनशीलता बरतनी चाहिए। साथ ही संबंधित व्यापार समझौते के प्रावधानों या इसके मूल नियमों के प्रावधानों पर अमल करते रहना चाहिए।